Năm 1447, Quốc vương và Vương hậu cho triệu tập Công tước xứ Gloucester trước Nghị viện về tội phản quốc. Động thái này được xúi giục bởi các kẻ thù của Công tước Gloucester, Bá tước Suffolk. Đức Hồng y Beaufort lúc này đã già và cháu trai của ông ta, Edmund Beaufort, Bá tước Somerset nắm quyền thay thế. Công tước Gloucester đã bị tạm giam tại Bury St Edmunds, nơi mà ông qua đời, có thể là do một cơn đau tim, mặc dù đương thời có tin đồn là ông đã bị đầu độc trước có thể được xét xử.

Công tước xứ York, người thừa kế ngôi vị của Henry VI, đã bị loại khỏi triều đình và cử đi để quản lý Ireland, trong khi các đối thủ của ông ta, các Bá tước Suffolk và Somerset đã được thăng thưởng tước Công, một danh hiệu tại thời điểm đó vẫn thường chỉ được dành cho những người ruột thịt gần nhà vua nhất. Công tước Somerset vốn mới được tấn phong đã được cử sang Pháp để chỉ huy cuộc chiến giữa Anh và Pháp.

Trong các năm tiếp sau của triều đại của Henry, chế độ quân chủ đã trở thành ngày càng không được lòng dân, do những sự cố về mặt luật pháp, trật tự, tham nhũng, đã làm cho những khoản thu từ các lãnh địa của hoàng gia vào triều đình của nhà vua ngày càng giảm sút và đương nhiên Nhà nước đã gặp phải những khó khăn về mặt tài chính cộng với sự mất ổn định của các vùng lãnh thổ mà người Anh đang chiếm đóng tại Pháp. Năm 1447, giới quý tộc Anh đã dấy lên một chiến dịch chống lại Công tước Suffolk, người vốn bị căm ghét nhất trong đoàn tùy tùng của vua và được xem như là một kẻ phản bội của Vương quốc.[9][10] Henry đã buộc phải điều ông này đi sống lưu vong, nhưng chiếc tàu của Suffolk đã bị chặn lại ở eo biển Manche và cái xác bị băm vằm của ông này đã được tìm thấy trên bãi biển ở Dover.

Năm 1449, Công tước Somerset nhận nhiệm vụ chỉ huy chiến dịch ở Pháp và ông này đã làm tái tạo tình trạng thù địch ở Normandie, nhưng tới mùa thu ông này phải tháo lui đến Caen. Vào năm 1450, người Pháp đã chiếm lại toàn bộ tỉnh này, vùng đất vốn được chiếm bởi những chiến thắng cực kỳ nhọc nhằn của Henry V. Những người lính được gọi tái ngũ đã không còn được thanh toán đúng hạn, thêm vào đó là tình trạng vô luật pháp ở các quận phía nam của nước Anh, Jack Cade đã cầm đầu một cuộc nổi loạn ở Kent 1450, tự xưng là "John Mortimer", quân nổi loạn rõ ràng là được sự ủng hộ của Công tước xứ York và đóng quân tại White Hart Inn ở Southwark. Henry VI đích thân đi đánh; khi quan quân tới Luân Đôn, Cade đã bỏ chạy. Nhà vua bèn để lại đại quân ở sau, rồi tự mình dẫn quân tiên phong truy kích và lọt vào ổ mai phục ở Sevenoaks. Cuộc tháo chạy đã được chứng minh là một cuộc rút lui chiến thuật: Cade đổ phục binh đánh tan quân nhà vua trong trận Solefields và quay trở lại để chiếm London. Cuối cùng, cuộc nổi loạn đã bị đàn áp và London đã được tái chiếm sau một vài ngày nằm trong tay quân phiến loạn, nhưng chủ yếu là bởi những nỗ lực của các cư dân của nó chứ không phải là của quân đội của nhà vua. Ở mức nào đó cuộc nổi dậy cho thấy rằng những cảm giác bất mãn trong dân chúng với Henry VI đang ngày càng lên cao.[11]

Năm 1451, Công quốc Guyenne, vốn nằm trong tay người Anh từ thời vua Henry II cũng đã bị thất thủ vào tay người Pháp. Trong tháng 10 năm 1452, người Anh lại tổ chức một cuộc hành binh tiến vào Guyenne và tái chiếm Bordeaux và đã thu được một số thắng lợi, nhưng vào năm 1453 Bordeaux đã lại một lần nữa thất thủ làm cho Calais chở thành lãnh thổ duy nhất còn lại của nước Anh trên lục địa châu Âu.